Los orígenes de la Hermandad de San Juan se remontan al último cuarto del siglo XIX, concretamente parece ser que a 1885. En un principio, esta Hermandad estuvo patrocinada por las Cofradías de la Virgen de las Nieves y San Luís Gonzaga, que se encargaban de los cultos de San Juan Evangelista. La primitiva imagen, como tantas otras, fue destruida durante la Guerra Civil española de 1936. En el año 1940, se adquiere una nueva imagen de San Juan Evangelista, obra del escultor Enrique Casterá y Masia de Alzira (Valencia) y se retoman las procesiones de Semana Santa.

En 1972 se confecciona el actual estandarte, procedente de los talleres La Japonesa de Alicante. Fue en esos años cuando la Hermandad decide ampliar su patrimonio con un nuevo paso, y tras varias propuestas, se decide recuperar otra de las imágenes destruidas en 1936: la del conjunto escultórico de Jesús y la Samaritana. Este nuevo conjunto fue tallado por el prestigioso escultor José María Sánchez Lozano de Pilar de la Horadada (Alicante), y su llegada a la Semana Santa de Aspe produjo también que se creara una nueva procesión con esta imagen en la noche del Lunes Santo.

En el año 1993 se crea un nuevo trono para la imagen de San Juan, tallado en madera por Pedro Pastor de Aspe. De los talleres de Sebastián Marchante de Granada procede la vestimenta actual del paso de Jesús y la Samaritana, confeccionándose en el año 1998 la túnica de Cristo en bordados con hilo de oro y plata sobre terciopelo rojo; y en 1999 el nuevo atuendo de la Samaritana. En esos mismos talleres se confeccionó en el año 2000 el nuevo manto de San Juan.

En el año 2004, y con motivo del XXV aniversario del paso de Jesús y la Samaritana, se adquiere un nuevo trono para el mismo, tallado en madera por el argentino afincado en Aspe Mario Álvarez Dewey; ese mismo año se lanzó una revista conmemorativa del aniversario bajo la denominación de “Samaritana”. Fue a este paso cuando en el año 2009 el músico aspense Antonio Espín Moreno le dedicó una marcha procesional.

En el año 2022 adquirieron un céntrico local como Casa de Hermandad para guardar los tronos y enseres procesionales de su Hermandad viendo así un sueño cumplido por todos los hermanos durante muchos años.